Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 6 Kupang berdiri pada tahun pembelajaran 2002/2003 dengan surat Keputusan Direktur DitjenDikdasmen Depdiknas No. 1502/CP/PS/2002 tanggal 5 Agustus 2002. Berdiri di atas lahan 1,4 hektar, dilokasi jalan Ki Ageng No.28 dengan dua program Keahlian yaitu : 1. Teknik Tata Boga 2. Teknik Busana Jumlah murid pada awal berdiri adalah 70 siswa yang terdiri dari 30 siswa Tata Boga dan 40 siswa Busana. Sebelum digunakan sebagai tempat pembelajaran Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 6 Kupang, lahan dan gedung di walikota ini merupakan Gedung SMP Negeri 8 Kupang dengan SK di atas dialih fungsikan sebagai Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 6 Kupang. Hingga Tahun Pelajaran 2007/2008 jumlah siswa mencapai 388 yang belajar pada lima Kompetensi Keahlian sebagai berikut : 1. Administrasi Perkantoran 2. Administrasi Akuntansi 3. Multimedia 4. Teknik Komputer dan Jaringan 5. Rekayasa Perangat Lunak Prestasi yang diraih Sekolah Menengah Kejuruan Negeri 6 Kupang hingga saat ini adalah : 1) Seluruh Kompetensi Keahlian terakreditasi B, 2) Tersertifikasi sebagai sekolah yang menerapkan Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008, 3) Sekolah Adiwiyata Nasional sejak 5 Juni 2009, yaitu sekolah yang peduli dan berbudaya lingkungan, 4) SMK RSBI (Rintisan Bertaraf Internasional) sejak 18 Agustus 2009.